ضعف بودجه و منابع مالی مستقل و پایدار یکی از مهم‌ترین مسائل و مشکلات سازمان‌های مرتبط با میراث طبیعی است. این مسئله موجب شده در هر سه سازمان مرتبط با میراث طبیعی، میراث طبیعی عملاً اولویتی نداشته باشد. در وزارت میراث معمولاً اولویت در برنامه‌ریزی بودجه به میراث فرهنگی و گردشگری اختصاص دارد و میراث طبیعی در این سازمان جایگاه حاشیه‌ای دارد.
از طرف دیگر در سازمان حفاظت محیط‌زیست و سازمان جنگل‌ها هم به این دلیل که حوزه تحت مدیریت و حفاظت آنها بسیار وسیع است سایت‌های میراث طبیعی که به نسبت در مقیاس خیلی کوچک هستند نمود چندانی ندارند. یک چشمه یا یک آبشار در اراضی چند هکتاری نمودی نمی‌یابد و در اولویت قرار نمی‌گیرند و بودجه خاصی در این سازمان‌ها به آنها تعلق نمی‌گیرد.
همچنین ردیف بودجه مستقلی برای تقویت یگان حفاظت وزارت میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی لازم است تا برای حفاظت از میراث طبیعی نیز اقدامات مؤثری انجام شود. در حال حاضر با توجه به لایحه بودجه سال ۱۴۰۱ منابع مالی اختصاص داده شده به این یگان شرایط خوبی ندارد و نمی‌توان انتظار داشت که بدون تغییر در آن، مسئولیت‌های بیشتری به‌عهده این یگان گذاشته شود. متأسفانه به‌دلیل بی‌توجهی که به حوزه میراث طبیعی صورت گرفته است و بودجه محدودی که به این یگان تخصیص داده شده است، حفاظت از این میراث خارج از دستور یگان حفاظت میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی قرار دارد.
علاوه‌بر آنچه گفته شد برای ارزیابی، نظارت و پایش میراث طبیعی هم باید منابع مالی مستقل در نظر گرفت. ارزیابی و پایش چه قبل از ثبت اثر و چه بعد از ثبت اثر به‌طور دائم لازم است و هزینه مستقلی برای آن در نظر گرفته نشده است.
به این دلیل که دستگاه‌ها ردیف بودجه‌ای برای ارزیابی و پایش سایت‌های میراث طبیعی ندارند این موضوع در اولویت آخر دستگاه‌ها قرار می‌گیرد. این موضوع موجب شده است که علی‌رغم تلاش فراوان کارشناسان دستگاه‌ها برای ثبت آثار طبیعی در فهرست میراث طبیعی و جهانی به‌دلیل عدم نظارت، ارزیابی و پایش آنها در سال‌های آتی، این آثار با مخاطرات زیادی مواجه شوند.
از جمله جنگل‌های هیرکانی و بیابان لوت که با تلاش فراوان سازمان‌های مرتبط در فهرست میراث جهانی یونسکو قرار گرفته‌اند، اما امروزه به‌دلیل مشکلات فراوانی که در حفاظت و مدیریت آنها وجود دارد خطر حذف آنها از فهرست میراث جهانی یونسکو وجود دارد.
