به گفته زاکانی، مسئولان مربوطه پیرو درخواست وزارت کشور پاسخ دادند که قانونی است، اما باز به این بسنده نشد و از هیئت وزیران سؤال شد و آنها این موضوع را قانونی و مسئولیت این حکم را با وزیر کشور دانستند.
تردید درخصوص قانونی‌بودن و غیرقانونی‌بودن حکم زاکانی از نخستین روزهای انتخاب وی در شورا آغاز شد؛ از همان زمان که او با 18 رأی شهردار تهران شد و سه عضوی که به او رأی ندادند، درخواست کردند او پروسه‌های قانونی شهردارشدن را طی کند و سپس در این خصوص در صحن شورا رأی‌گیری شود.
آن زمان ناصر امانی قبل از گرداندن گلدان رأی‌گیری خطاب به چمران گفت این رأی‌گیری قانونی نیست و بهتر است در اولین گام، برخلاف قانون حرکت نکنیم. در آن جلسه، ناصر امانی و جعفر تشکری‌هاشمی تأکید کردند این قانون‌شکنی هرگز از پیشانی شورای شهر پاک نمی‌شود. همان زمان علیرضا زاکانی توضیح داده بود آیین‌نامه‌ای که در سال 98 تنظیم شده و شرایط احراز شهردار در آن ذکر شده، نواقصی دارد از جمله آنکه بخشی از تخصص‌ها در آن نیامده است.
 همان زمان برخی حقوق‌دان‌ها درخصوص اینکه زاکانی می‌تواند شهردار باشد یا خیر، اعلام کردند حکم زاکانی در وزارت کشور به‌سادگی صادر خواهد شد؛ زیرا طبق تبصره ماده 3 شرایط احراز شهرداران، ‌تعیین رشته‌های تحصیلی شهرداری برای شهردارشدن متناسب با درجه شهرداری بر عهده وزیر کشور گذاشته شده است. وزیر کشور نیز بخش‌نامه‌ای را در 13/11/1397 ابلاغ کرده که رشته‌های مختلفی برای شهرداران ذکر شده که رشته آقای زاکانی در فهرست این مشاغل نیست، ‌اما مطابق آیین‌نامه تعیین این رشته‌ها بر عهده وزیر کشور گذاشته شده و ممکن است وزارت کشور آن را بازنگری و اصلاح کند. در خود این بخش‌نامه ابلاغی، تبصره‌ای ذکر شده که بر اساس آن، تشخیص و تفسیر مشاغل و افزایش آن با حوزه معاونت عمرانی وزارت کشور است؛ بنابراین اصلاح فهرست مشاغل و افزودن شغل زاکانی به آن، کار ساده‌ای است؛ یعنی یا معاونت عمرانی وزیر کشور آن را تشخیص می‌دهد یا در نهایت خود وزیر این اصلاح را انجام می‌دهد. اما وزیر کشور تأکید کرد قانون به نفع یک فرد اصلاح نمی‌شود و تلاش شد تأیید صلاحیت زاکانی از روش‌های دیگر دنبال شود؛ هرچند در گذشته بخش‌نامه وزارت کشور درخصوص صلاحیت شهرداران با نظر شخص وزیر تغییر کرده بود.
در زمان رسانه‌ای‌شدن امضای حکم شهردار تهران از سوی وزیر کشور، مهدی جمالی‌نژاد، معاون عمرانی وزیر کشور، در گفت‌وگویی با اشاره به صدور حکم شهرداری علیرضا زاکانی گفته بود: «با وجود صراحت قانون و برداشتی که از عدم مشکل قانونی در این خصوص ارائه شده بود، طبق روال معمول، استفساریه‌ها و استعلام‌های مختلفی نیز از مراجع قانونی ذی‌صلاح انجام دادیم. سازمان امور اداری و استخدامی کشور به‌صراحت در پاسخ به استعلام وزارت کشور، در نامه‌ای رسمی، شرایط آقای زاکانی برای تصدی سمت شهردار تهران را کافی و او را واجد شرایط قانونی لازم برای این جایگاه دانست».
به گفته معاون عمرانی وزیر، برای اتقان موضوع، وزیر کشور در نامه‌ای خطاب به معاون اول رئیس‌جمهور از هیئت دولت نیز استفسار کرد که هیئت وزیران در جلسه خود، ضمن بلااشکال‌بودن تصدی پست شهرداری تهران توسط آقای زاکانی، با توجه به هم‌ترازی شهردار کلان‌شهرها با مقامات از سوی هیئت وزیران، تصمیم دراین‌باره را از اختیارات وزیر کشور دانست و در این خصوص نیازی به تغییر آیین‌نامه ندانست و اکنون صدور حکم شهرداران کلان‌شهرهای بالای یک میلیون نفر به پشتوانه قانون و تأیید و مجوز هیئت وزیران انجام شده است و صورت خواهد گرفت. یکی از مراجعی که جمالی‌نژاد درخصوص قانونی‌بودن حکم زاکانی به آن اشاره کرد، نامه شاه‌نظری، رئیس امور مدیریت مشاغل و نظام‌های پرداخت سازمان اداری و استخدامی کشور بود. او در نامه‌ای به رئیس سازمان شهرداری‌ها و دهیاری‌ها بر صلاحیت کامل زاکانی برای تصدی سمت شهرداری تهران تأکید کرد. همان زمان خبرگزاری فارس با انتشار این نامه تأکید کرد شهردارشدن زاکانی قانونی است‌.
در این نامه تصریح شده است: «وفق ماده ۷۱ قانون مدیریت خدمات کشوری، نمایندگان مجلس شورای اسلامی در زمره مدیران سیاسی اطلاق شده‌اند که بدیهی است با توجه به حوزه فعالیت و نقش سیاست‌گذاری، این سمت بالاتر از سطح مدیریت ارشد موضوع دستورالعمل اجرائی نحوه انتخاب و انتصاب مدیران حرفه‌ای (مصوبه شماره ۵۷۹۰۹۵ مورخ 01/۰۴/۱۳۹۵) می‌باشد».
نکته‌ای که در این نامه به آن اشاره شده است، مصوبه هیئت وزیران درخصوص هم‌ترازی شهردار تهران با مقامات موضوع بند «ج» تبصره «۲» ماده «۱» قانون نظام هماهنگ پرداخت کارکنان دولت است.
بر اساس مصوبه مذکور، شهردار تهران به صورت استثنائی هم‌تراز با «وزرا، نمایندگان مجلس شورای اسلامی، معاونان رئیس‌جمهور، معاونان قوه قضائیه و رئیس کل دیوان محاسبات» است و به تبع آن احراز صلاحیتش از شرایط احراز صلاحیت مدیران حرفه‌ای تبعیت نمی‌کند.
روز گذشته نامه دیوان عدالت اداری درخصوص این نامه منتشر شد که نشان می‌داد این مرجع صلاحیت اعلام چنین اظهارنظری را نداشته است‌. در این حکم آمده است‌: «بر اساس این نامه، مکاتبه انجام‌شده خارج از حدود اختیارات قانونی مقام وضع‌کننده است؛ چراکه براساس تبصره ذیل ماده ۱۱۱ قانون استخدام کشوری، رئیس سازمان امور اداری و استخدامی می‌تواند بخشی از وظایف خود را به معاونان خود تفویض کند، این در حالی است که رئیس امور مدیریت مشاغل و نظام‌های پرداخت، معاون سازمان استخدامی نمی‌باشد. همچنین اگر این اظهارنظر ناشی از احکام قانون مدیریت باشد، رفع ابهام در اجرای مفاد قانون مدیریت خدمات کشوری و ایجاد هماهنگی بر عهده شورای توسعه مدیریت است».
در این حکم، ورودی به قانونی‌بودن و غیرقانونی‌بودن حکم شهردار تهران نشده است، اما به گفته برخی از کارشناسان حقوقی، این نامه می‌تواند روند پیگیری قضائی معترضان به قانونی‌بودن حکم زاکانی را تسهیل کند.
محمدصالح مفتاح، فعال اصولگرا نیز پس از انتشار این خبر در صفحه خود از گام بلند برای ابطال حکم زاکانی خبر داد. او سه روز پس از صدور حکم شهرداری تهران برای آقای زاکانی، از وزیر کشور در دیوان عدالت اداری شکایت کرد و در صفحه توییتر خود نوشت: «سه روز پس از صدور حکم شهرداری تهران برای آقای دکتر زاکانی، از وزیر کشور در دیوان عدالت اداری شکایت کردم و ابطال حکم غیرقانونی او را درخواست کرده‌ام. این شکایت فارغ از صلاحیت‌های فردی و شخصیت آقای زاکانی طرح شده است و صرفا بر قوانین و مقررات تأکید شده است». علی دشتی، حقوق‌دان نیز معتقد است با توجه به اینکه آیین‌نامه اجرائی شرایط احراز تصدی سمت شهردار و دستورالعمل‌ها و بخش‌نامه‌های مرتبط تغییری نکرده و تخصص علیرضا زاکانی در فهرست رشته‌های مجاز افزوده نشده و حکم شهردار تهران با استناد به نامه امور مدیریت مشاغل و نظام‌های پرداخت سازمان اداری و استخدامی کشور صادر شده، این حکم غیرقانونی است و دیوان عدالت اداری می‌تواند این حکم را باطل کند.
دشتی در ادامه گفته است: با توجه به اینکه رأی هیئت عمومی دیوان، این ‌نامه را ابطال و به‌صراحت اعلام کرده مقام صادرکننده این نامه صلاحیت لازم را برای صدور این مقرره نداشته است، بنابراین نمی‌توانسته پاسخ استعلام وزارت کشور را مبنی بر بلامانع‌بودن تصدی شهرداری از سوی زاکانی صادر کند.
وی ادامه داد: اگر مبنای صدور حکم از سوی وزیر کشور این نامه بوده است، به دلیل بی‌اعتباری این نامه، حکم وزیر کشور نیز غیرقانونی است؛ زیرا به استناد همین نامه نقض‌شده در زمان صدور حکم شهردار، دستورالعمل شرایط احراز سمت شهردار درخصوص مدرک تحصیلی زاکانی اصلاح نشد.
این حقوق‌دان در پاسخ به این پرسش که شکایتی درخصوص غیرقانونی‌بودن حکم علیرضا زاکانی به‌عنوان شهردار مطرح است، آیا ابطال این نامه می‌تواند منجر به ابطال حکم در دیوان شود؟ گفت: اگر شکایتی در دیوان درخصوص قانونی‌بودن یا غیرقانونی‌بودن حکم زاکانی مطرح است، ابطال این نامه می‌تواند به ابطال حکم زاکانی کمک کند و اگر حکم وزیر کشور نیز به استناد این نامه صادر شده باشد، حکم اصلی نیز باطل است.
البته در همان مقطع زمانی نیز اعلام شد سازمان امور اداری و استخدامی کشور صلاحیت استعلام ندارد و همان زمان هم قانون به شکلی دور زده شد و آیین‌نامه‌ها نیز اصلاح نشدند؛ بنابراین چون این نامه باطل شده و آیین‌نامه هم اصلاح نشده است، حکم وزیر کشور غیرقانونی است.
دشتی ادامه می‌دهد: در صورت اصلاح آیین‌نامه و افزوده‌شدن مدرک زاکانی، باید دوباره از سوی وزیر کشور برای علیرضا زاکانی حکم زده شود.
او درخصوص اینکه شهردار تهران به رأی دوباره شورای شهر هم نیاز دارد، گفت: در صورت ابطال حکم زاکانی در دیوان عدالت اداری و اثبات آن، بر اساس بند یک ماده ۸۰ قانون شوراها، دوباره باید رأی‌گیری انجام شده و مراحل صدور حکم شهردار مجدد از ابتدا انجام شود.
به گفته مسئولان، هیئت وزیران نیز در جلسه خود تأکید داشته‌اند که وزیر کشور خود درخصوص حکم زاکانی تصمیم‌گیری می‌کند؛ بنابراین هیئت وزیران مصوبه‌ای درخصوص تغییر شرایط احراز سمت شهرداری نداشته و نمی‌توان به نظر مشورتی هیئت وزیران استناد کرد. گفته می‌شود معاون اول رئیس‌جمهور نیز در نامه‌ای در این خصوص اظهارنظر کرده است که دست‌کم در جست‌وجو در سایت‌های خبری، ردی از این نامه نیست‌. همچنین گفته می‌شود همان زمان، وزیر کشور با توجه به اختیاراتی که داشته، بخش‌نامه را اصلاح کرده که باز هم در این خصوص اطلاع‌رسانی نشده است و تنها مستند منتشرشده درخصوص قانونی‌بودن حکم شهردار تهران، نامه سازمان امور استخدامی کشور بود که روز گذشته از سوی دیوان عدالت اداری باطل شد؛ هرچند به نظر نمی‌آید ابطال این نامه جز یادآوری تلاش‌های برخی حقوق‌دان‌ها برای اجرای قانون در این زمینه، اتفاق تازه‌ای را رقم بزند.